Debido a que la Ciencia Cristiana parece divergir radicalmente de la teología convencional, algunas veces es criticada por quienes no la comprenden. Tal vez nadie escribió tan duramente en contra de la Sra. Eddy como Mark Twain (Samuel Clemens). No obstante, dijo a su biógrafo, Albert Bigelow Paine: “La Ciencia Cristiana es una bendición para la humanidad... Ella [la Sra. Eddy] es la benefactora del siglo”. Citado en el libro de Robert Peel, Mary Baker Eddy: The Years of Authority (New York: Holt, Rinehart and Winston, 1977), pág. 205;
La autoridad que gobierna la Iglesia fundada por la Sra. Eddy, no es una persona o una jerarquía sino su libro el Manual de La Iglesia Madre. Este libro establece a La Junta Directiva de la Ciencia Cristiana de La Primera Iglesia de Cristo, Científico, en Boston, Massachusetts. Pero la autoridad permanece en el Manual, el cual constituye la organización y operación de la iglesia. El Manual estipula que: “Cada Iglesia de Cristo, Científico, tendrá su propia forma de gobierno”.Man., Art. XXIII, Sec. 1; Además estipula: “En la Ciencia Cristiana cada iglesia filial será netamente democrática en su forma de gobierno, y ninguna persona ni otra iglesia deberá intervenir en sus asuntos”.ibid., Art. XXIII, Sec. 10;
En la Iglesia de Cristo, Científico, no hay un ministro ordenado. En su lugar, dos Lectores laicos, a menudo un hombre y una mujer, leen la Lección-Sermón semanal del Cuaderno Trimestral de la Ciencia Cristiana. Uno de los Lectores lee de la Biblia (Versión Reina Valera) y el otro lee pasajes de Ciencia y Salud por la Sra. Eddy los cuales aclaran el significado espiritual de las Escrituras. Estos dos libros son el pastor. Para los Científicos Cristianos estos libros, así como los otros escritos de la Sra. Eddy, son sus únicos libros de texto para aprender Ciencia Cristiana.
Además de los cultos dominicales, la Escuela Dominical y el culto anual del Día de Acción de Gracias, las iglesias de la Ciencia Cristiana llevan a cabo reuniones vespertinas los miércoles. En dichas reuniones, las personas relatan sus curaciones obtenidas mediante la oración. Todas estas reuniones están abiertas al público en general.
Cada iglesia mantiene una Sala de Lectura abierta al público, donde se puede leer, pedir prestada o comprar la Biblia y literatura de la Ciencia Cristiana, e ir a estudiar para elevarse espiritualmente. Si bien no hay misioneros, conferenciantes autorizados ofrecen disertaciones públicas sobre Ciencia Cristiana.
En las Iglesias de Cristo, Científico, no se llevan a cabo asuntos políticos o sociales; tampoco se celebran ceremonias nupciales o funerales. No hay pilas bautismales ni se observa este rito en las iglesias de la Ciencia Cristiana, pues, en la Ciencia, el bautismo no es un acto simbólico que se efectúa una vez en la vida. Más bien significa la continua purificación del pensamiento en nuestra vida diaria. Cristo Jesús dijo: “El espíritu es el que da vida...” Juan 6:63;
La Sociedad Editora de la Ciencia Cristiana publica todas las publicaciones periódicas de la Iglesia. Éstas son diarias, semanales, mensuales y trimestrales. El Cuaderno Trimestral de la Ciencia Cristiana contiene la Lección-Sermón semanal, que no sólo se lee el domingo sino que se estudia durante la semana que antecede a la lectura dominical respectiva. El The Christian Science Journal, el Christian Science Sentinel y El Heraldo de la Ciencia Cristiana contienen testimonios de curaciones, artículos y editoriales que relacionan a la Ciencia Cristiana con una amplia variedad de temas. En el Journal también aparece una lista de las iglesias, las Salas de Lectura, las organizaciones de la Ciencia Cristiana en las universidades, y practicistas y enfermeras de la Ciencia Cristiana. El Heraldo, que también incluye dicha lista, se publica en varios idiomas. El The Christian Science Monitor es un periódico cuyos suscriptores son de diferentes credos y clases sociales — muchos de ellos ocupan puestos importantes alrededor del mundo.
Cualquier persona, a partir de los doce años de edad, puede afiliarse a La Iglesia Madre; para ello, debe creer en las enseñanzas de la Ciencia Cristiana como se explican en la Biblia y en los escritos de la Sra. Eddy. Por supuesto, para afiliarse, el solicitante debe haber renunciado a cualquier otra denominación religiosa.
El propósito para el cual fue organizada esta Iglesia desde su comienzo, jamás se ha cambiado. Es “una iglesia destinada a conmemorar la palabra y las obras de nuestro Maestro, la cual habría de restablecer el Cristianismo primitivo y su perdido elemento de curación”.Man., pág. 17.